ALPIC : Automatic Localisation of Proteins In living Cells

(ALPIC : Localisation automatique de proteines dans des cellules vivantes)

Aujourd'hui je vais vous parler de ce que je fais dans la journée au labo...

Je travaille pour le projet ALPIC. Le but du projet ALPIC c'est de fournir des outils informatiques aux biologistes pour qu'ils créent de nouveaux médicaments pour guérir les gens.

Les biologistes aiment bien décoder le génome de plein de bestioles. Ça leur donne, entre autres, un grande liste de protéines, dont la plupart leurs sont inconnues... Un bon moyen de trouver la fonction d'une protéine, c'est de regarder là où elle se baladent dans la cellule : si elles sont tout le temps à côté du noyau, elles on sans doute un rapport avec l'ADN ; si elles sont à côté des mitochondries, elles doivent intervenir dans le métobolisme (je raconte n'importe quoi mais c'est l'idée...).

La technique consiste alors a prendre des protéines marquées radioactivement, à les mettre en contact avec des cellules et à prendre une photo avec un microscope. On vois alors bien les proteines marquées dans les cellules... Bien sûr, pour que ça ait un sens, il faut faire ça avec des centaines de photos et pas une seule. D'où l'idée de faire les traitements par informatique...

Il faut donc un programme qui sache reconnaitre les protéines marquées (c'est facile, c'est des points très brillants) et les cellules (c'est dur parce que il y a des cellules qui ont des têtes un peu bizarres). Moi je travaille sur le programme qui décide si à un certaine endroit de la photo se trouve une cellule, sachant que une cellule c'est un truc vaguement rond, pas trop gros mais pas trop petit...


En fait, mon maître de stage a déjà un programme qui marche très bien sur des cellules de spodotera frugiperda (un papillon asiatique) (cad : moins de 5% d'erreur par rapport à la détection des cellules faite par des vrais biologistes humains...). Mon boulot c'est d'adapter ce programme pour qu'il marche sur des cellules de drosophiles. Il faut donc que je comprenne ce qu'il a fait, que je refasse ce qu'il a fait en changeant trois quatre trucs et enfin si tout se passe bien, je publierai peut-être un article dans "Bildverarbeitung für die Medizin" (Le traitement d'image pour la médecine)